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在结构研究前首先确定化合物的纯度。纯度不合格，会给结构测定工作带来难度，甚至会导致结构测定工作的失败。纯度检查的方法很多，如检查有无均匀一致的晶形，有无明确、敏锐的熔点等。但是最常应用的还是各种色谱方法，如在TLC或Pc上选择适当的展开剂，分别将样品推至薄层板(或滤纸)的不同位置，并在可见光、uV光下观察，或者喷以一定的显色剂(其中必有一种为通用显色剂)进行观察。
一般，只有当样品在三种展开系统中均呈现单一斑点时方可确认其为单一化合物。个别情况下，甚至须采用正相和反相两种色谱方法加以确认。另外，气相色谱(GC)也是判断物质纯度的一种重要方法，但只适用于在高真空和一定加热条件下能够气化而不被分解的物质。
HPLC则不然，不受GC那样的条件限制。与GC一样，HPLC也有用量少、时间快、灵敏度高及准确的特点，但两者均须配置价格昂贵的仪器设备。
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