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生物碱的溶解性与生物碱分子结构中氮原子的存在状态、分子大小、分子中极性基团的种类和数目以及溶剂的种类有关。大多数生物碱的溶解性符合一般规律，也有一些生物碱的溶解性较特殊。
(一)游离生物碱
(二)生物碱盐
生物碱盐一般易溶于水，可溶于甲醇、乙醇，难溶或不溶于亲脂性有机溶剂。生物碱在酸水溶液中成盐溶解，调碱性后又游离析出沉淀，可利用此性质提取分离生物碱。
生物碱盐在水中的溶解性因其成盐的种类不同而有差异。一般生物碱无机酸盐的水溶性大于有机酸盐，无机酸盐中含氧酸盐的水溶性大于卤代酸盐;在有机酸盐中，小分子有机酸盐或多羟基酸盐(如酒石酸盐)水溶性大于大分子有机酸盐。
某些生物碱盐难溶于水，如小檗碱盐酸盐、麻黄碱草酸盐等。
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