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立克次体在结构上与革兰氏阴性杆菌非常相似。用电子显微镜观察，最外层为由多糖组成的粘液层，有粘附宿主细胞及抗吞噬作用。其内为微荚膜或称外包膜，由多糖或脂多糖组成。细胞壁包括外膜(磷脂双分子层)、肽聚糖及蛋白脂类三层。有与细菌内毒素性质相似的脂多糖复合物，但脂类含量比一般细菌高得多。胞浆膜为双层类脂，主要由磷脂组成。胞质内有核糖体(由30s和50s两个亚基组成)。核质集中于中央，含双股DNA。

立克次体为多形态，球杆状或杆状，0.3～0.6×0.8～2.0um.柯克斯体最小，平均大小为0.25×1um，多形性更明显。最大者为斑点热群，为0.6×1.2um.在感染细胞内，立克次体常聚集成致密团块状，但也可成单或成双排列。不同立克次体在细胞内的分布不同，可供初步识别。如普氏立克次体常散在于胞质中，恙虫病立克次体在胞质近核旁，而斑点热群立克次体则在胞质和核内均可发现。

革兰氏染色阴性，但一般着染不明显，因此常用Giemnez、Giemsa 或Macchiavello法染色，其中以Gimenez法最好。该法着染后，除恙虫病立克次体呈暗红色外，其他立克次体均呈鲜红色。Giemsa法和Macchiavello法分别将立克次体染成紫或蓝色和红色。

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