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乙脑目前没有针对病毒的特效疗法，预防应采取综合性措施，其中以接种乙脑疫苗最为有效。人体接种乙脑疫苗后需经半个月至一个月时间方能产生免疫效果，因此接种工作一般在乙脑流行季节前一个月完成，接种对象以少年儿童及由非流行区进行流行区的人群为重点。
此外，由于蚊虫是乙脑病毒的传播媒介，因此灭蚊防蚊对于预防乙脑也相当重要。
乙脑的发病主要与蚊虫的季节消长有关。我国华中地区乙脑流行高峰多在每年的七八月份，而华南和华北地区流行高峰较华中地区分别提前或推迟一个月，东北地区发病高峰在八九月份。
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