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阴阳学说，贯穿在中医学理论体系的各个方面，用来说明人体的组织结构、生理功能、疾病的发生发展规律，并指导着临床诊断和治疗。
根据阴阳对立统一的观点，认为人体是一个有机整体，人体内部充满着阴阳对立统一的关系。人体所有组织结构，既是有机联系的，又可以划分为相互对立的阴阳两部分。人体脏腑组织，就部位来说，上部为阳，下部为阴;体表属阳，体内属阴。就其背腹四肢内外侧来说，则背属阳，腹属阴;四肢外侧为阳，四肢内侧为阴。以脏腑来分，五脏属里，藏精气而不泻，故为阴;六腑属表，传化物而不藏，故为阳。五脏之中，又各有阴阳所属，即心、肺居于上部(胸腔)属阳;肝、脾、肾位于下部(腹腔)属阴。如具体到每一脏腑，则又有阴阳之分。即心有心阴、心阳，肾有肾阴、肾阳等。总之，人体组织结构的上下、内外、表里、前后各部分之间，以及内脏之问，无不包含着阴阳的对立统一。
1.在疾病诊断中的应用中医学认为人体的正常生命活动，是阴阳两个方面保持着对立统一的协调关系的结果。如以功能与物质相对而言，则功能属于阳，物质属于阴，人体的生理活动是以物质为基础的，没有物质的运动就无以产生生理功能。而生理活动的结果，又不断促进着物质的新陈代谢。人体功能与物质的关系，也就是阴阳相互依存、相互消长的关系。如果阴阳不能相互为用而分离，人的生命也就终止了。因此，疾病的发生发展变化的内在原因在于阴阳失调，所以任何疾病，尽管它的临床表现错综复杂，千变万化，但都可用阴或阳来加以概括辨析而运用于疾病的诊断之中。
(1)在诊法方面的应用用阴阳的属性来分析四诊收集到的临床症状和体征。如以色泽的明暗分阴阳，鲜明者为病在阳分，色泽晦暗者为病在阴分。以声息和呼吸气息的动态分阴阳属性，语声高亢宏亮，多言而躁动者，多属实、属热，为阳;语声低微无力，少言而沉静者，多属虚、属寒，为阴。呼吸微弱，多属于阴;呼吸有力，声高气粗，多属于阳。
以脉象部位分阴阳，则寸为阳，尺为阴;以至数分，则数者为阳，迟者为阴;以形态分，则浮、大、洪、滑为阳，沉、小、细、涩为阴。
(2)辨证方面的应用阴阳是八纲辨证的总纲。在临床辨证中，首先要分清阴阳，才能抓住疾病的本质，做到执简驭繁。阴阳，大则可以概括整个病证是属阴证、属阳证，小则可分析四诊中一个具体脉症。
外科病证中的阴证、阳证，又具有它特殊的含义。属于阳证类型的疾病，如疖、痈、丹毒、脓肿等，多为急性感染性疾病，表现为红、肿、热、痛等症状;属于阴证类型的疾病，如结核性感染、肿瘤等，多为慢性疾病，表现为苍白、平塌、不热、不痛或隐痛等症状。
总之，无论望、闻、问、切四诊或辨证，都应以分别阴阳为首务，只有掌握阴阳的属性，才能在辨证中正确地区别阴阳。
2.在疾病治疗中的应用由于疾病发生发展的根本原因是阴阳失去相对平衡，出现偏盛或偏衰的结果。尽管疾病的病理变化复杂多变，但均可以用“阴阳失调”，“阴胜则寒，阳胜则热，阳虚则寒，阴虚则热”来概括说明。机体的阴阳任何一方虚损到一定程度，常可导致对方的不足，即所谓“阳损及阴”，“阴损及阳”，以致最后出现“阴阳两虚”。阴阳失调而出现的病理表现，还可以在一定的条件下，各自向其相反的方面转化，即阳证可以转化为阴证，阴证可以转化为阳证。
因此，调整阴阳，补其不足，泻其有余，恢复阴阳的相对平衡，就是治疗的基本原则。阴阳学说用以指导疾病的治疗，主要有两个方面：一是确定治疗原则，二是归纳药物的性能。
(1)确定治疗原则根据阴阳学说确定治疗原则分为以下两个方面。
阴阳偏胜的治疗原则：阴阳偏胜，即阴或阳的过盛有余，为邪气有余之实证。治疗时采用“损其有余”的方法。阳胜则热，属实热证，宜用寒凉药以制其阳，治热以寒，即“热者寒之”。阴胜则寒，属寒实证，宜用温热药以制其阴，治寒以热，即“寒者热之”。因二者均为实证，所以称这种治疗原则为“损其有余”，即“实则泻之”。若其相对一方出现偏衰时，则当兼顾其不足，配合以扶阳或益阴之法。
阴阳偏衰的治疗原则：阴阳偏衰，即阴或阳的虚损不足，或为阴虚，或为阳虚。阴虚不能制阳而致阳亢者，属虚热证，一般不能用寒凉药直折其热，须“壮水之主，以制阳光”，即用滋阴壮水之法，以抑制阳亢火盛。这种治疗原则亦称为“阳病治阴”。若阳虚不能制阴而造成阴盛者，属虚寒证，不宜用辛温发散药以散阴寒，须“益火之源，以消阴翳”，即扶阳益火之法，以消退阴盛。这种治疗原则也称为“阴病治阳”。
对阴阳偏衰的治疗，张景岳根据阴阳互根的原理，还提出了阴中求阳、阳中求阴的治法，即是指在用补阳药时，须兼用补阴药;在用补阴药时，须加用补阳药，以发挥其互根互用的生化作用。
总之，治疗的基本原则，是泻其有余，补其不足。阳盛者泻热，阴盛者祛寒，阳虚者扶阳，阴虚者补阴，以使阴阳偏胜偏衰的异常现象，复归于平衡协调的正常状态。
(2)归纳药物的性能药物的性能，主要依据其气(性)、味和升降浮沉来决定，而药物的气、味和升降浮沉，又皆可用阴阳来归纳说明，作为指导临床用药的依据。
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