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传染病的预防也是传染病学工作者的一项重要任务。作为传染源的传染病患者总是由临床工作者首先发现，因而及时报告和隔离患者就成为临床工作者不可推卸的责任。同时，应当掌握针对构成传染病流行过程的三个基本环节，采取综合性措施的原则。根据各种传染病的特点，针对主导环节，重点采取适当的预防措施。
一、管理传染源
传染病报告制度是早期发现传染病的重要措施，必须严格遵守。根据中华人民共和国传染病防治法及其实施细则，将法定传染病分为三类。
甲类传染病是指：鼠疫、霍乱。
乙类传染病是指：传染性非典型肺炎、艾滋病、病毒性肝炎、脊髓灰质炎、人感染高致病性禽流感、麻疹、流行性出血热、狂犬病、流行性乙型脑炎、登革热、炭疽、细菌性和阿米巴性痢疾、肺结核、伤寒和副伤寒、流行性脑脊髓膜炎、百日咳、白喉、新生儿破伤风、猩红热、布鲁氏菌病、淋病、梅毒、钩端螺旋体病、血吸虫病、疟疾。
丙类传染病是指：流行性感冒、流行性腮腺炎、风疹、急性出血性结膜炎、麻风病、流行性和地方性斑疹伤寒、黑热病、包虫病、丝虫病，除霍乱、细菌性和阿米巴性痢疾、伤寒和副伤寒以外的感染性腹泻病。
上述规定以外的其他传染病，根据其暴发、流行情况和危害程度，需要列入乙类、丙类传染病的，由国务院卫生行政部门决定并予以公布。
对乙类传染病中传染性非典型肺炎、炭疽中的肺炭疽和人感染高致病性禽流感，采取甲类传染病的预防、控制措施。其他乙类传染病和突发原因不明的传染病需要采取甲类传染病的预防、控制措施的，由国务院卫生行政部门及时报经国务院批准后予以公布、实施。
省、自治区、直辖市人民政府对本行政区域内常见、多发的其他地方性传染病，可以根据情况决定按照乙类或者丙类传染病管理并予以公布，报国务院卫生行政部门备案。对传染病的接触者，应分别按具体情况采取检疫措施、密切进行临床观察、药物预防或预防接种。
要在人群中检出病原携带者，进行治疗、教育、调整工作岗位和随访观察。
对动物传染源，如属有经济价值的家禽、家畜，应尽可能加以治疗，必要时宰杀后加以消毒;如无经济价值者则应设法将其消灭。
二、保护易感人群
保护易感人群的措施包括提高人群非特异性免疫力和特异性免疫力这两个方面。
(一)提高人群非特异性免疫力 通过提高人民的生活水平和文化水平，改善居住环境、增加营养、加强身体锻炼等，达到增强体质，提高非特异性抗病力的目的。
(二)提高人群特异性免疫力
1.主动免疫 起关键作用的还是通过主动进行疫(菌)苗预防接种，提高人群的特异性免疫力。接种的疫(菌)苗包括减毒活病原体、灭活病原体、类毒素、病原体的部分抗原蛋白和基因重组多肽或蛋白等。接种疫苗后可使机体产生对抗某病原体，如抗病毒、细菌、螺旋体及其毒素的特异性主动免疫。
2.被动免疫 接受注射抗毒素、丙种球蛋白或高滴度免疫球蛋白，可使机体具有特异性被动免疫。被动免疫常用于急需进行免疫预防的人群，注射一次特异性免疫球蛋白一般只能保持特异性免疫力一个月左右。
人类由于普遍接种牛痘苗，现已在全球消灭天花，就是预防接种效果的明证。儿童计划免疫对传染病的预防起关键性作用。
三、切断传播途径
对于消化道传染病、虫媒传染病以及许多寄生虫病来说，切断传播途径通常是起主导作用的预防措施，而其中又以爱国卫生运动和除四害(老鼠、臭虫、苍蝇、蚊子)为中心的一般卫生措施为重点。
消毒是切断传播途径的重要措施。广义的消毒包括消灭传播媒介即杀虫措施在内，狭义的消毒是指消灭污染环境的病原体而言。消毒有疫源地消毒和预防性消毒两大类。消毒方法有物理消毒和化学消毒法两种。
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