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口蹄疫的主要传染源为潜伏期感染及临床发病动物。感染畜呼出物、唾液、粪便及尿液，乳及精液(临床症状出现前4天的)，pH6.0以上的肉及副产品均可带病毒。

康复期动物及活疫苗免疫动物也可带毒(病毒在牛口咽处可达30个月，水牛则更长，绵羊为9个月)。非洲岬水牛(Cape buffalo)是南非血清型的主要贮藏宿主。

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