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钩端螺旋体病的潜伏期2～20天，一般7～12天。因受染者免疫水平的差别以及受染菌株的不同，可直接影响其临床表现。

Edward和Domm将钩体病分为第一期(即败血症期)、第二期(即免疫反应期)。国内曹氏将本病的发展过程分为早期、中期和晚期。这种分期对指导临床实践、特别是早期诊治，具有重要的意义。